Indonesia merupakan negara kepulauan tropis terbesar di dunia dan memiliki garis pantai yang panjang. Di sebagian besar perairan pesisir Indonesia menjadi sebaaran ekosistem khas laut tropis seperti mangrove, padang lamun, dan terumbu karang. Indonesia juga kaya dengan perairan tawar di daratan seperti danau, waduk, sungai, dan embung. Ekosistem-ekosistem perairan ini bersama-sama dengan spesies dan materi genetik yang dikandungnya merupakan sumber daya hayati penting bagi kehidupan umat manusia. Mereka menyediakan beragam layanan bernilai tinggi, baik jasa penyediaan (pangan, sumber daya genetik), jasa pengaturan (pencegahan dan perlindungan dari bencana alam, penguraian limbah), jasa pendukung (siklus hara, biodiversitas, perlindungan plasma nutfah), dan jasa budaya (estetika, rekreasi dan pariwisata).