Sistematika buku "Otonomi Daerah" ini mengacu pada pendekatan konsep teoritis dan contoh penerapan. Buku ini terdiri atas 11 Bab, diantaranya : Bab 1. Desentralisasi yang membahas tentang Konsep dan Makna Desentralisasi, dan Bentuk-Bentuk Desentralisasi, serta Jenis-Jenis Desentralisasi; Bab 2. Desentralisasi dan Otonomi Daerah membahas tentang Desentralisasi, Otonomi Daerah, Otonomi dan Demokrasi, Macam-Macam Otonomi Daerah, Prinsip Dasar Otonomi Daerah, Konsep Dasar Otonomi Daerah, Pemerintah Daerah, dan Pelaksanaan Otonomi Daerah, serta Konflik Politik, Desentralisasi dan Otonomi Daerah; Bab 3. Pemerintah Lokal dan Otonomi Daerah membahas tentang Terbentuknya Kebijakan Otonomi Daerah, serta Kewenangan Pemerintahan Lokal; Bab 4. Desentralisasi Asimetris membahas tentang Pendekatan dalam Pelaksanaan Desentralisasi Asimetris, dan Desain Desentralisasi Asimetris, serta Aspek Pertimbangan Asimetris; Bab 5. Pembagian Urusan membahas tentang Konsep Lembaga Kewenangan, serta Hubungan antara Pemerintah Pusat dan Daerah dalam Rangka Otonomi; Bab 6. Otonomi Daerah dan Pelayanan Publik membahas tentang Reformasi Birokrasi dalam Konteks Otonomi dan Pelayanan Publik, dan Desentralisasi, serta Pelayanan Publik dan Inovasi Pelayanan; Bab 7. Otonomi Daerah dan Pemberdayaan Masyarakat membahas tentang Reformasi Birokrasi, Otonomi Daerah, Strategi Reformasi dan Pemberdayaan, dan Pemberdayaan Masyarakat, serta Evaluasi Pemberdayaan; Bab 8. Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Pelaksanaan Otonomi Daerah yang membahas tentang Kepemimpinan Kepala Daerah, Kewenangan, dan Kebijakan Nasional, serta Partisipasi; Bab 9. Lembaga Pemerintah Daerah yang membahas tentang Sistem Pemerintah Indonesia dan Ssistem Pemerintah Daerah di Indonesia, serta Lembaga Pemerintah Daerah; Bab 10. Keuangan Daerah yang membahas tentang Kelembagaan dan Keuangan Daerah, serta Arah Kebijakan dan Strategi; Bab 11. Otonomi Daerah dan Pelaksanaan Good Governance di Indonesia yang membahas tentang Sejarah Otonomi Daerah di Indonesia, serta Pelaksaan Good Governance di Indonesia.