Undang-Undang 1945 pernah diamandemen sebanyak empat kali sejak 1999 sampai 2000, dan hal itu turut mengubah struktur lembaga negara di Indonesia. Sebelum amandemen, lembaga negara terdiri atas MPR, presiden, DPR, DPA, BPK, dan MA. Kemudian setelah amandemen, struktur lembaga negara menjadi MPR, DPR, DPD, presiden dan wakil presiden, MA, MK, dan BPK. Lembaga negara ditinjau dari fungsinya terbagi menjadi 3 (tiga) ranah. Ranah tersebut berdasarkan kekuasaan yang ada, yaitu kekuasaan eksekutif atau pelaksana (administrator bestuurzorg), kekuasaan legislatif dan fungsi pengawasan, serta kekuasaan kehakiman atau fungsi yudisial. Selain itu menurut para ahli lembaga negara dibagi berdasarkan hierarkinya, yakni lembaga negara terdiri dari 3 (tiga) lapis. Lapis pertama disebut